בסוף הספר תועפות ראם, הובאו מכתבו של הרב צבי יחזקאל מיכלזאהן אודות האדמו"ר הזקן רבי יעקב אריה מראדזמין זצ"ל, שנכתב בוורשה ביום ד', ויגש, ד׳ טבת תרצ"ו.
ושם מובא המעשה הבא::
זה לפני חמשים שנה בהיותי צעיר לימים והייתי במרחן שצאויניץ עפ״י פקודת הרופאים שם הי׳ אז תלמיד חכם אחד מלובלין. וסיפר לי כי פעם אחת היה בווארשא ושמע כי הגאון הקדוש ר׳ יעקלי מראדזמין הנהו בווארשא ומתאכסן בבית קאפטאל. ואז היה לבית הזה חצר גדול אשר עתה הוא שם רחוב מלאווסקי. וביקשו הרב הקדוש ר״י שילך עמו בצוותא לטייל בהחצר הגדול. אחר שתייתו מים מקרלסבאד. והרופאים צוו לטייל אחר השתיה וכן עשה. בתוך הליכתם עמד הרב הקדוש ר״י ועיניו נשואות השמימה בדביקות גדול. ואמר אליו תדע חביבי אשר נשמות מצדיקים שכבר המה בעולם העליון משתוקקים ומתאוים הלואי ינתן להם רשות לשוב לזה העולם על כל פנים על חצי שעה, שיהיה להם היכולת לעשות עוד איזהו מצות ועבודת השם יתברך, כי שם במתים חפשי נאמר. ורק בעולם הזה יכולים לקנות בכל רגע ורגע איזהו מצוה וזכות. וכמו במשה רבינו עליו השלום שהשתוקק לקיים מצות התליות בארץ ולבוא לארץ ישראל כחז"ל סוטה (דף י״ד) "וכי לאכול מפריה הוא צריך". וכאשר אנו בעולם הזה אין אנחנו יודעים עד כמה להזהר שלא לאבד כל רגע ורגע בביטול ח"ו. וכאשר סיים דברי קודשו הלך הלאה הטיול בלי שום דבור רק בדביקות כדרכו בקודש. בהאחזו בשרול (ארבעל) של התלמיד חכם הצותא שלו והמלוה איתו:
דברי ידידו
צבי יחזקאל מיכלזאהן
בועד הרבנים דפה
הרב צבי יחזקאל מיכלסון נולד בבילגוריי (Biłgoraj), ב-ט' בשבט תרכ"ג (1863), לאביו הרב אברהם חיים ולאמו חנה בילא, בת הרב והגביר שמואל אליהו שוורדשרף. משפחתו הייתה משפחה חסידית מיוחסת שהעמידה דורות רבים של רבנים ודיינים גדולים ומפורסמים. אביו היה מקורב לאדמו"ר רבי יעקב בלומנזון מווידאמה, לאדמו"ר רבי חיים מצאנז, ול'מגיד מטריסק', האדמו"ר רבי אברהם טברסקי. הוריו חסכו את מיטב כספם כדי לשכור לבנם העילוי ולאחיו מלמדים מצוינים, ובהם הרב יעקב דוד מראדומסק, שילמדו אותם תורה בימים ובלילות. הרב מיכלסון גדל באווירה חסידית ולמדנית כאחד. בילדותו ביקר פעמיים בחצר רבי חיים מצאנז, שקיבל אותו באהבה ובשמחה והציג אותו לפני הקהל שנאסף שם כקרוב משפחתו מפולין. עוד כנער צעיר, החל בכתיבת חידושי תורה רבים והחליף מכתבים עם גדולי דורו. בהמשך, נהג לקבל ספרים מגאוני דורו ולשלוח להם את ספריו בתמורה.
התקרבותו לאברכים חסידים, קיבלה את הסכמתו וברכתו של סבא-רבא שלו, ה'מתנגד', רבי אליעזר שוורדשארף מלובלין, מחבר הספר 'דמשק אליעזר'. הדרכת הסבא-רבא לוותה בהנחיה להתרחק מדרכם של 'ההולכים קדימה' ולא לשנות דבר 'מדרך היהדות'.
בשנת תרל"ז (1877), בהיותו בן 14, התייתם צבי יחזקאל מאביו. אמו, שנותרה חסרת יכולת לפרנס את שלשת יתומיה, חזרה לבית אביה. היא שלחה את בנה העילוי לבית אבי אביה, רבי אליעזר שוורדשארף. הנער צבי יחזקאל למד עם סבו-זקנו במשך שנה, עד שנשלח לישיבתו של רבי זאב נחום בורנשטיין מביאלה (Biała Podlaska), אביו של האדמו"ר הראשון מסוכטשוב מחבר הספרים 'אבני נזר' ו'אגלי טל'. הרב מיכלסון נעשה לתלמידו המובהק של הרב מביאלה, שראה בו תלמיד יקר ואהוב ואמר עליו שהוא 'חביב לי כבני, בבת עיני'. הוא קיבל סמיכה להוראה מאת רבנים מגדולי דורו, ובהם: רבי שניאור זלמן [פרדקין] מלובלין, מחבר 'תורת חסד'; רבי חיים אלעזר ואקס, מחבר 'נפש חיה'; ורבי צבי הירש תאומים, רבה של דזיאלושיץ ורבה של וואלדאוואי.
בשנת תרל"ט (1879) הוא השתדך, וביום כ"א במנחם אב תר"מ (1880), נשא לאשה את הינדא סעריל, בת דודו, הרב דוד טביל שוורדשארף מטומשוב. בשנת תרפ"ד (1924-1923), נפטרו אמו ורעייתו של הרב. ביום כ"ו בתשרי תרפ"ה (1924), נשא בזיווג שני את פייגא זעלדא, אחותו של הרב צבי הירש פרידלינג, אב"ד ביסקוביץ והגליל ועורך הירחון התורני 'הבאר'.
לאחר נישואיו הראשונים, עבר הרב מיכלסון להתגורר עם חותנו בזמושץ' (Zamość) והתנדב שם לשמש כממלא מקום הרב בהוראת איסור והיתר ולענות לשאלות השוחטים והבודקים בעניין כשרות הריאה. באותה תקופה, הוא מזכיר במכתבו את מצבו הבריאותי הלוקה בחסר, המאלץ אותו לקצר בכתיבתו. הוא דחה את בקשת קהילת זמושץ' למנותו לרב עליהם ועבר להתגורר עם חותנו בבילגורייא, שם ביקש להתרחק מן הרבנות ולנהל בית דפוס. אבל לאחר שחותנו ירד מנכסיו, לאור מצבו הבריאותי הקשה ובשל הוראה מפורשת מאת האדמו"ר מגור, ה'שפת אמת', שיקבל עליו את הרבנות הראשונה שיציעו לו, נאלץ הרב מיכלסון לקבל על עצמו את הרבנות בעיר קראסנוברוד (Krasnobród), בקיץ תרמ"ד (1884), כפי שכתב: 'לאב"ד נמכרתי בעוני', 'ונגד רצוני, הייתי לעם ה' לעם עובד […] כי ראיתי מאת ה' היתה וישימני לאב"ד, בהיותי צעיר לימים, אחר עשרים ושנים'.
הרב מיכלסון הביע סלידה מבקשת השררה וראה במשרת הרבנות שליחות ציבורית, 'להיות נושא במשא העם ולצאת ולבוא לפניהם להשתדל בהטבת מצבם'. עם מינויו לרב בקראסנוברוד, הוא קיבל מכתב שבח וברכה מרבי חיים אלעזר ואקס, ה'נפש חיה'. במכתב זה בירך ה'נפש חיה' גם את הקהילה ופירט את תפקידי הרב: 'והרב הנ"ל ינהל אותם על מי מנוחות התורה והוראה, וירבץ תורה לעדתם והמה יבקשו תורה מפיהו, והוא יטיף לקחו לתורה ולתעודה לדעה מה יעשה ישראל ולהודיע חוקי האלהים ותורותיו וחובות יציר ליוצרו'.
כפי ציין בכמה מספריו, תיכף לאחר כניסתו לכהן כרבה של קראסנוברוד דרש לפני הקהל בליל שבת על הצורך להקדים ולסגור את החנויות מוקדם ככל האפשר לפני כניסת שבת. לאורך השנים, הרב מיכלסון פעל רבות לחזק את שמירת השבת, באמצעות דרשות וכתיבת ספרים ובאמצעות ארגונים שעמד בראשם. ביטוי מובהק למרכזיות שייחס לפעילות זו ניתן לראות בכך שבחר לכתוב בהקדמתו לספר 'עטרת ישועה' על שמירת השבת ועל מצב שמירת השבת בימיו. ספר זה נכתב כאשר הרב מיכלסון היה מוטל על ערש דווי, ומכורח הנסיבות נאלץ לקצר בכתיבה ולהתמקד במה שקרוב אל לבו וחשוב לו ביותר.
מתחילת כהונתו כרב, הקפיד לפסוק ולהורות בהלכות מסוימות, כמו הלכות פסח ונדה, רק לאחר שיעיין בשולחן ערוך, אף אם אותה שאלה כבר נשאלה זמן קצר קודם לכן. לאחר זמן, סבל רבות ממחלוקת, מריבות ומלשינות בקהילתו, שערערו על סמכותו כרב ופגעו קשות בפרנסתו. בנוסף, 'מוסר' הלשין עליו לשלטונות בטענה שקיבל פטור משירות צבאי שלא ביושר ושבספרייתו מצויים ספרים שלא אושרו על ידי הצנזורה. כתוצאה מכך, הועמד הרב מיכלסון לדין וספריו הועמסו על שתי עגלות ונלקחו לבית הצנזור הראשי בוורשה. למרות שיצא זכאי בדינו, החליט הצנזור לשרוף רבים מספריו ובהם כתבי יד יקרי ערך. שאר ספריו הוחזרו לו רק כעבור שנתיים. במקרים בהם ניסו בעלי מחלוקת בעיירה לקבל תמיכה מהרב מיכלסון, הוא סירב להתערב במחלוקת.
כתוצאה מ'הלחץ זה הדחק התלאות והצרות, יסורים ומחלות, מדנים וקטטות', נאלץ הרב לעזוב העיר קראסנוברוד ולקבל עליו את הרבנות בעיר פלונסק (Płońsk), בשנת תרנ"ד (1894). בחירתו לרבה של פלונסק נעשתה בהמלצתם של האדמו"ר מגור (ה'שפת אמת') וגיסו רבי פנחס מנחם אלעזר יוסטמן מפילץ (ה'שפתי צדיק'). עם זאת, מקרב חסידי גור בפלונסק היו כאלה שהתנגדו למינויו, מכיוון שלא ראו ברב מיכלסון כשייך 'כל צורכו' לאנשי שלומם.
הרב מיכלסון דאג לשיפוץ בית הכנסת והמקווה הישנים, לשיקום גדר בית העלמין ולהרחבת שטחו, ולהקמת בית הכנסת אורחים, ובו מקום לינה מסודר ובית תבשיל עבור עוברי דרכים המגיעים לעיר. הוא עודד קניית אתרוגים מארץ ישראל, דן בגדרי מצוות יישוב ארץ ישראל בזמן הזה ובקדושת הארץ, עודד את הצעירים לייסד קבוצת הגנה להתמודד עם פורעים אנטישמים, זירז את הציבור לתרום לארגון 'גמילות חסד', אסף כספים לטובת נפגעי שריפות, דאג לספק מזון בחג לכל האסירים היהודים ולספק מצות לחיילים יהודים ששרתו בסביבתו. בתקופה זו סבל ממצב בריאותי רעוע, שהקשה עליו את העיון בדברים, אך למרות זאת, הוא המשיך בכתיבת תשובות בהלכה לרבנים ששאלו אותו.
מספר חודשים לאחר שהרב מיכלסון הגיע לפלונסק פורסמה כתבה בעיתון 'הצפירה' המתארת את פועלו בעיר:
זה ירחים אחדים שבא לעירנו הרב הגאון צבי יחזקאל מיכלזון שליט"א ומאז ועד הנה רבות עשה ויתקן כל בדק וינהל בהשכל ודעת את צאן מרעיתו. וכל מגמתו אך לאחד לבבות נפרדות ולהשקיט המחלוקת. אם כי צעיר לימים הנהו ידיו רב לו בש"ס ופוסקים. גם יודע הוא שפות חיות ולא אחת נקרא לשר המחוז פה לפתור שאלות אחדות מעניני הקהילה ויפיקו ממנו רצון מאד ויאריך ימים על עמדתו בשלום ובמישור ובאהבה אחווה ורעות.
בשנת תרנ"ד (1894), עם התפרצות מגפת החולירע והטלת סגר על העיר, ייסד הרב מיכלסון קרן לתמיכה כספית במשפחות שנקלעו לקשיים כלכליים. הוא ייסד בית חולים והתנדב במשך מספר שבועות לעודד את החולים ולתמוך בהם, אף שהיה מודע לסכנת ההתדבקות. לבסוף נדבק במגיפה וחלה אנושות, יחד עם חלק מבני ביתו, עד שהרופאים נואשו מחייו. בתקופה זו ילדה אשתו בן, שנפטר כעבור מספר ימים. לאחר שהמגיפה חלפה, הוא ייסד עם אשתו 'בית תבשיל' לטובת אלמנות, יתומים וילדים עניים, בו חולקו חינם מאות ארוחות ביום, ועורר את העשירים לתרום למטרה זו. בהמשך נשא דרשת שבח והודאה על כך ש'האיר השי"ת [=ה' יתברך] פניו אלינו ויאמר למלאך המשחית הרף וריחם כרוב חסדיו על שארית פליטתנו'. בדרשתו הוא קרא לניצולים שלא לשכוח את חסדי ה', להכיר לו טובה, להתחזק בעבודת ה' ולנהוג ברחמים ובצדקה עם הבריות. הרב מיכלסון גם פרסם בעיתון את תודתו לתורמים בימי המגפה לטובת הנזקקים, ובנוסף, פרסם גם את תודתו לתורם שתרם תרומה נדיבה לבניין בית המדרש ולהרחבתו.
בשנת תר"ס (1900), הוא נשא דרשה ארוכה על מנת לגייס תרומות להציל את יהודי בסרביה וחרסון מסכנת מוות ברעב, בשל בצורת קשה שפקדה את דרום רוסיה. בעקבות פרעות 'המאות השחורות' ברוסיה, כותב הרב מיכלסון, בשנת תרס"ו (1905), מכתב בו הוא מתאר את האסון ואת גודל הצרה: 'בעת הזאת. אשר אנחנו ל"ע [=לא עלינו] בצרה גדולה וקול נהי. בכי תמרורים נשמע במדינתנו. אהה! שודדים שוללים וחומסים ברחובותינו […] יותר ממאה קהלות קדושות נחרבו. כמה אלפים מאחב"י [=מאחינו בני ישראל] נהרגו ועוד מוסיפים בני עולה […] מאת אלפים פצועים מתגוללים בבתי החולים המלאים עד אפס מקום. וכמה מאות אלפי משפחות היו למחוסרי פת לחם'. הוא קבע כי האסון לא הגיע במקרה, אלא היא יד ה' המעוררת את ישראל לתשובה ולפקוח עיניהם 'לראות אם ה' לא ישמור עמו. שוא לכם אשר עם עמים תתבוללו […] כי אך טוב לישראל אם יקיים אמונתם ודתם להיות עם קדוש לאלקיו וישראל נושע בד". באותה שנה היה טרוד מאוד בפעילות לקראת 'יום הבחירה לשלוחי העם לבית המועצה אשר בעיר המלוכה'.
במכתבו לרב אברהם יצחק הכהן קוק, בשנת תרס"ח (1908), תמך הרב מיכלסון בקניית אתרוגים מארץ ישראל והתנגד לקניית אתרוגי קורפו, שיש בהם חשש 'מורכבים'. הוא גם ראה חשיבות ויופי ב'ההידור העצמי והטהור', בכך שקניית אתרוגי ארץ ישראל מסייעת לפרנסתם של יהודים.
בשנת תרע"א (1911), פעל הרב מיכלסון להפר את כוונת הממשל הרוסי לכפות חופשת קיץ במשך חודשיים וחצי גם במסגרות החינוך היהודיות. הוא ראה בתוכנית זו גזרה נוראה שתהרוס את סדרי בית המדרש, תגביר את שכחת התורה, תביא את הצעירים לידי שעמום ואובדן דרך ותפגע קשות בפרנסת המלמדים העניים. הרב נסע להיפגש עם 'המשגיח הראשי' בלשכת נציב המדינה, חארלאמוב.
בשנת תרע"ג (1913), כתב הרב מיכלסון מכתב לרב משה מנחם וולדן והתנצל כי 'לדאבון לבי הנני עמוס התלאות וטרדותי עצומים, ולא אוכל לבוא בארוכה'.
לאורך השנים, המשיך הרב מיכלסון לסבול ממצב בריאותי ירוד. באחת מתשובותיו, הוא הסביר כי איחר לכתוב בשל ייסורים קשים בכאב אזנים. בסביבות שנת תרס"א (1901), הוא חלה בדלקת עיניים קשה וסבל כאבים במשך כחודשים, והדבר אילץ אותו לצמצם את היקף החיבורים שפרסם בספרו 'דגן שמים'. בשנת תרפ"ד (1924), כתב בתחילת ספרו 'שאלות ותשובות בית יחזקאל': 'הנני כצבי שבור, ועיפה נפשי מן המצוקות והיגונות אשר תכפו עלי, וכל הימים הייתי ידוע חולי מוקף ביסורים וכאבים נוראים, כל ראש לחולי, וצער גידול בנים טפלי' התלוים בי'. בשנת תרפ"ח (1928), כתב לרב בנימין פוקס, אב"ד קהילת גראסווארדיין: 'קבלתי מכתב מעכ"ת [=מעלת כבודו] בהיותי על ערש דוי ל"ע [=לא עלינו], ולא יכולתי להשיב עד היום'. במכתביו מודיע הרב מיכלסון מספר פעמים על נסיעתו למקומות מרפא. בשנת תרפ"ט (1929), הוא יצא לנוח קצת מעמלו ומטרדותיו הרבים ביער מיכאלין. בשנת תרצ"א (1931), כתב 'הנני ל"ע מחוסר בריאות, ועפ"י פקודת הרופאים נחוץ אני לנסוע לאוטוואצק [Otwock], לגור שם איזה שבועות, הש"י [= ה' יתברך] ישלח לי רפאותו מקודש'. בהמשך אותה שנה, שב ודיווח כי שהה בהוראת הרופאים ב'קרית יערים אטוואצק' וחזר לביתו לקראת חודש ניסן. אך כבר בחודש אייר, הוא נאלץ, בשל מצבו הגופני הירוד, לעזוב את ביתו ולעבור למשך מספר שבועות לאזור הכפרי בפלניצה (Falenica), שם ערך לדפוס את ספרו 'דברי גדולים'. בשנת תרצ"ד (1934), הוא כותב על עצמו בהקדמתו לספר 'עלה דיונה': 'המדבר, מדוכ'[א] כצב"י שבור, וכאבי נעכר, לבי סחרחר, עזרי ומפלטי אתה אלהי אל תאחר'. בשנת תרצ"ה כתב שבשל מחלתו לא היה מסוגל לכתוב הסכמה במשך מספר שבועות, ואף לאחר שהוטב מצבו מעט, הוא עדין 'זקן וחלוש' ואין ביכולתו לכתוב באריכות. בשנת תרצ"ו (1936), שהה שוב באטווצק כדי לשפר את מצב בריאותו. באדר תרצ"ז (1937), היה חולה אנוש ושכב כחודשיים על ערש דווי, כשכל טובי הרופאים שבדקו אותו התייאשו מחייו. בחוליו נדר שאם יתרפא, יוציא לאור את הפירוש להגדה של פסח, 'עטרת ישועה', מאת רבי ישראל יונה לאנדא. כשהוציא לאור פירוש זה, ביקש לצרף לו את הפירוש שלו עצמו להגדה של פסח ואת חיבורו על הלכות החג, אך בשל מצבו הבריאותי נאלץ להסתפק רק בהבאת מקצת מפירושיו. באותה שנה דווח על שהותו 'במעוני קיץ שיושב כעת בקרית יערים שווידער [Świder] […] מחוסר ספרים שם וברפיון כוחו'. בשנת תרצ"ח (1938), ביקשה אשתו מהציבור שיתפללו לרפואתו לאחר שעבר אירוע לב והיה בסכנת חיים ממשית. בהוראת הרופאים, נאלץ לנוח במיטה ששה שבועות כשהוא 'מוטל חולה וכלא בביתו […] על ערש דוי'. דבר מחלתו דווח לקוראי כתב העת התורני 'הבאר' לצד עדכון על הטבה במצב בריאותו: 'וב"ה [=וברוך ה'] ובזכות תפילות וברכת רבים שבתוכם גם הגאונים והצדיקים הי"ו [=ה' יחזקם וישמרם] שבאו מרחוק ומקרוב כמעט מכל המדינה ומחו"ל שהעתירו בעדו החזיר לנו אותו השי"ת ואחר פסח העל"ט [=העבר לטובה] התחיל לצאת ממיטתו, על משענתו וב"ה ביום ועש"ק [=וערב שבת קודש] לסדר "וחי בהם" נסע עם משמשו לשאוף אויר צח בין צללי ארזים ומעוני קיץ אטוואצק'. בשנת תרצ"ט (1939) הוציא לאור ר' אברהם אלכסנדר זושא הנדליש את הספר 'תורת כהן' מאת אלכסנדר זיסקינד הכהן אב"ד שעלץ ופלוצק, ובסופו צירף את 'קונטרס מראה כהן כולל תולדות הגה"ק המחבר זצ"ל' מאת הרב מיכלסון. בתחילת דבריו הרב מיכלסון על כך שעל אף רצונו, אינו יכול להאריך בכתיבתו 'מפני חולשתי ל"ע'. בשנת ת"ש (1939), בהיותו סובל מהתנאים הקשים בוורשה הכבושה, הוא כתב מכתב תנחומים ובו הסביר שאין ביכולתו להאריך בדבריו 'מחולשת גופי ורפיון כחי'.
אחת מנסיעותיו לצורכי מרפא גרמה לו לניתוק ממושך ממשפחתו וקהילתו. נסיעה זו, למעיינות המרפא בקרלסבאד (Karlsbad) יצאה לפועל בהוראת הרופאים בקיץ תרע"ד (1914). בדרכו לשם, השתטח על קברי אבותיו בקראקא ובז'ולקוב, חקר את פנקסי הקהילות ועסק בפענוח מצבות עתיקות. מספר ימים לאחר בואו, פרצה מלחמת העולם הראשונה. הגבולות נסגרו, קשרי הדואר נפסקו והוא נשאר מנותק ממשפחתו ומקהילתו. הדבר גרם לו עוגמת נפש רבה, אותה הוא מתאר במילים: 'הייתי בצער ויגון נורא, עיני דאבו מני עוני, צרה ויגון מצאתי, מאנה הנחם נפשי, כי עזבתי ונטשתי ב"ב [=בני ביתי], ז' [=זוגתי] הרבנית, ובניי, ובנותיי חתניי, וכלותיי, ונכדיי, גדולים וקטנים'. 'בפרוץ המלחמה האיומה, מלחמת התבל, והנה יד ה' נגעה בי ושדי הרע לי, יגעתי באנחתי, כי כמה הרפתקאות דעדו עלי ועל ביתי'. לאחר שהצבא הגרמני כבש את פלונסק, התגוררו גרמנים בדירתו של הרב מיכלסון למשך מספר חודשים, ושרפו הרבה כתבי יד עליהם כתב את חידושיו בתורה.
לפני תפלת נעילה, שנת תרע"ה (1914), נשא הרב מיכלסון דרשה קצרה, בה קרא להסיר את שנאת החינם, המריבות והקטטות שבין היהודים ולעשות שלום ביניהם.
יחד עם ידידיו, גייס הרב את תמיכת הקהילה היהודית בקרלסבאד וייסד שם 'בית תבשיל' כשר, להצלתם של אלפי פליטי המלחמה מרעב. בהמשך נסע משם בשיירה גדולה לעיר קרקוב, בדרכים קשות ומסוכנות. למרות הוראת השלטונות לאסור על כל תושבי חוץ לארץ לשהות בעיר, הצליחו ממלא מקום רב העיר ומזכיר בית הקהילה העברית לקבל היתר מטעם ראש המשטרה להמשך שהותו של הרב מיכלסון במקום. עם התקרבות החזית הרוסית, ברח הרב מיכלסון מהעיר והתלבט לאן להמשיך במסעו. בתחילה ביקש לנסוע לפראג ולא לשוב לקרלסבאד 'מפני שקהלת היהודים שמה היא חפשית וכמעט כולם המה מתבוללים ולא לי להמצא עמהם בכפיפה אחד בימי קודש אלה'. לבסוף החליט בכל זאת לשוב לקרלסבאד, לאחר שגילה שהרבה יהודים מצאו בה מקלט, ובהם גם חרדים רבים ועשרות רבנים ואדמו"רים מגליציה 'עדי היתה עיר קרלסבאד למרכז היהדות'. הרב מיכלסון השיב שם לשאלות בהלכה והתפרסם כמוהל מומחה. הוא תכנן לצאת במסע חזרה לביתו דרך אוסטריה, הונגריה, טרנסילבניה ובסרביה, אך בעצת הרופאים התעכב בעיר בשל הצורך בייצוב מצבו הרפואי. בינתיים שללו השלטונות את תעודת המסע שלו, הטילו עליו מעצר בית מדי לילה, חייבו אותו להתייצב מידי שבוע והתייחסו אליו כשבוי מלחמה, בשל היותו נתין זר.
בשנה זו, בה נאלץ הרב מיכלסון לשהות בקרלסבאד מחוסר אפשרות לשוב לביתו בשל המלחמה, הוא הקדיש את זמנו ללימוד תורה, כפי שכתב: 'הייתי פנוי מטרדות, אם כי הייתי מעוטף בצער ודאגות מגורל ב"ב בפלונסק, ולולי תורתך שעשעי אז אבדתי בעניי, וזאת נחמתי בעניי כי אמרתך חיתני, למדתי ת"ל [=תודה לאל] כל תנ"ך, וכל המדרשים רבות ותנחומא עה"ת [=על התורה] וה' מגילות, כל ששה סדרי משנה, ומסכתות מרוב הש"ס, וטוש"ע [=וטור שולחן ערוך], ועוד ועדוד[!], נתחדש לי שמה ורשמתי ערך שני אלפים חידושי תורה בכל המקצועות, גם כתבתי פנקס יומי מכל אשר עבר עלי (ויעזרני הש"י [=ה' יתברך] להו"ל [=להוציאו לאור]) ונפלאות מדובר בו'. חלקים מיומן אישי זה, שניהל הרב לאורך כל תקופה זו ועד לתום המלחמה, מצוטטים בספרו 'פינות הבית'. בעקבות התערבות הקונסול הספרדי, הושבו לרב מיכלסון תעודותיו ולאחר מסע מפרך ורווי סכנות, הוא שב לביתו. לאחר חזרתו לפלונסק, פרסם בעיתונות מאמר חריף נגד שנאת האחים, מלשינות, מריבות ומחלוקות שנפוצו בעיר. הוא פעל בהצלחה, בשנת 1917, לקבלת היתר מטעם השלטונות לשחרור היהודים בימים טובים מעבודות ומחובת ההתייצבות להעיד ולעמוד למשפט, לאפשר תפילות בחגים לאסירים יהודים וליהודים המאושפזים בבית החולים ולהקל את תנאי העוצר הלילי על מנת לאפשר ליהודים ללכת ברחובות בלילות בימי הסליחות המרכזיים. בשנות המלחמה, הוא טרח להשיג אתרוגים לסוכות ולחלק אותם לבתי הספר, בתי המדרש וחצרות החסידים בעיר. הוא שכנע את השלטונות שמכירת הלחם הקצוב לאוכלוסייה היהודית לא תיערך ביום השבת ועודד בדרשתו את היהודים לא לקנות בשבת. בנוסף, הוא קיבל את הסמכות לפקח על כשרות הלחם המחולק. הוא דאג להזמין מראש את מלאי החטים והסוכר הנצרכים עבור חג הפסח. עוד לפני המלחמה דאג 'כמנהג הרבנים לדפוק יחד עם פרנסי העיר על דלתי הבע"ב [=הבעלי-בתים] ועשירי עירי לקבץ את הכסף' לטובת צורכי עניי העיר ולאסיריה. בשבת חול המועד סוכות תרע"ח (1917), נשא הרב מיכלסון דרשה בבית הכנסת לטובת 'אגודת המלמדים' שבעירו, ובכל ימי החג היו לו טרדות רבות בעניין הסיוע למלמדים, חיזוק החינוך התורני בחדרים והרחבת מעגל לומדי התורה. לשם קידום עניינים אלו ארגן מפגשים של 'מופלגי תורה והחרדים שבעיר'.
פרנסי ורשה הציעו לרב מיכלסון להתמנות כחבר בוועד הרבנים של העיר והוא הסכים להצעתם בשנת תרפ"ב (1921), לאחר לבטים קשים ובעידודם של פרנסי ורשה, של אמו ושל רעייתו.
בתקופה זו היה הרב מיכלסון עמוס בעבודה כרב, כמחנך וכאיש ציבור, כפי שכתב 'אפפוני חבילי טירדין מכל צד מילי דשמיא ודציבורא, ועול התלמידים, ישיבתנו הרמה דבר יום ביומו תלי"ש [=תודה לאל יתברך שמו], וכמה שו"ת [=שאלות ותשובות] מרחוק'. לצד פעילותו הציבורית בוועד רבני ורשה, המשיך הרב מיכלסון לפרסם מאמרים וספרים תורניים ולשאת ולתת בהלכה עם עמיתיו הרבנים. במסגרת תפקידו כחבר בוועד הרבנים, עסק הרב מיכלסון, יחד עם עמיתיו, במגוון רחב ומורכב של תחומי רבנות: יישוב מריבות משפחתיות, פסיקת הלכה בשאלות סבוכות שהובאו לפתחם, ישיבה בהרכב בית הדין העירוני, אחריות על שירותי הדת ועל רישום הנישואין והנהגה רוחנית עירונית, מחוזית, ארצית וכלל ישראלית. לאורך השנים בהן שימש הרב מיכלסון מוהל, הוא הספיק למול יותר מאלף ומאתים ילדים. הוא היה חבר הנשיאות של חברת 'מפיצי תורה ודת בפולניה', שעסקה בהדפסת ספרי קודש חדשים. הוא פעל לביסוס מוסדות דת וייסד חברות לחיזוק הדת ובהן חברות לשמירת השבת, חברת 'אות ברית' לתמיכה בסעודות ברית מילה לנזקקים, חברת 'שומרי סת"ם' לפיקוח על כשרות ספרי התורה, התפילין והמזוזות, חברת 'טהרת בנות ישראל', חברת 'תומכי אסירים', חברת 'מאכל כשר' ועוד. בנוסף, הוא היה פעיל באגודת הרבנים בפולין והשתתף באסיפות רבנים ואדמו"רים.
המגוון הרחב של תחומי הפעילות של 'ועד הרבנים לעדת ווארשא' משתקף בכרוזים אותם פרסמו. בין הכרוזים בהם מופיעה חתימתו של הרב מיכלסון, ניתן למצוא כרוזים בנושאים הבאים: עידוד תרומות להקמת בית כנסת ומרכז הכנסת אורחים, קריאה לתמיכה בישיבת תומכי תמימים לובביץ' בוורשה שעמדה בסכנת סגירה לרגל קשיים כלכליים, קריאה לתמוך ב'עזרה' לטובת מושב זקנים, קריאה לחיזוק חינוך הילדים בתלמודי התורה, קריאה לתמוך באספקת מזון לעניים לקראת חג הפסח, קריאה למאבק בתופעת ההתאבדות, קריאה לתרומה להגנת היתומים ב'שבוע של היתום', קריאה לתרום למאות משפחות יהודיות נזקקות, קריאה לתרום לטובת אלפי יהודים שאיבדו את רכושם בשריפה, קריאה לחייב לקיים פסק הדין, קריאה לקחת חלק בפרויקט הלאומי הפולני למאבק במגיפת השחפת, הקמת ארגון 'אות ברית', קריאה לתרומות למגבית 'תומכי עניים' לקראת הימים הנוראים והחגים, קריאה למען חיזוק השבת, קריאה לאסיפה כללית בתחילת חודש תמוז תרפ"ה (1925), בהשתתפות 'כל ראשי אלפי ישראל הנמצאים בכל מדינת פולין, ליטא וגאליציען' להתמודדות עם התרחבות חילולי השבת בפרהסיה, מגביות לטובת היתומים ותלמודי התורה , אזהרה לציבור בדבר מכירת בשר לא כשר, קריאה להשתתפות במגבית לעזרת תלמודי התורה, קריאה לתרום לאגודת 'המפרנס' המסייע לבחורים לומדי תורה, הקמת ארגון 'שומרי סת"ם', הבעת תמיכה בשוחטים בכלל ובשוחטים בוורשה בפרט, קריאה לתרום לפרויקט ההגנה האווירית הפולנית, קריאה לתרום למגבית הלאומית הפולנית, קריאה לאמירת תהלים, תפילות ודרשות לתשועת פולין, ועוד.
בשנת 1925 השתתף הרב מיכלסון בסיום כתיבת ספר תורה מטעם חברת 'בית ונחלה', עבור המושבה 'בני ברק'. בראשית שנת 1927, היה הרב מיכלסון בין שלשת חברי משלחת ועד הרבנים בוורשה שהשתתפו באירוע החגיגה השנתי בארמון נשיא פולין בנוכחות המרשל יוזף פילסודסקי ושרי הממשלה. בשנת 1929, השתתף הרב במעמד 'סיום הספר' שערכה חברת 'פועלים לומדי תורה'.
ועד הרבנים השמיע את קולו המאוגד כסמכות רוחנית בעניינים יהודיים קהילתיים ולאומיים, הלכתיים וערכיים, גם ביחס לנעשה מחוץ לגבולות העיר ואף בנעשה מחוץ לגבולותיה של פולין: בשנת תרפ"ט (1929), פעלו הרב מיכלסון וחבריו לוועד הרבנים לעדת ורשה להשקיט מחלוקות בירושלים הגורמות לחילול שמים ולפגיעה בקופת רבי בעל הנס. בעקבות 'פרעות תרפ"ט', נפגשה משלחת יהדות פולין, ובה נציגי ועד הרבנים בוורשה, עם שגריר אנגליה בוורשה על מנת להגיש לו תזכיר ביחס למאורעות בארץ ישראל. ועד הרבנים בוורשה קרא לציבור לקחת חלק בתענית ציבור כללית בערב ראש חודש אלול בעקבות פרעות תרפ"ט. הרב מיכלסון נמנה על החותמים על כרוזים שתיארו את זוועות הפרעות וקראו לתמוך באחים שבארץ ישראל הנמצאים עדיין בחזקת סכנה ולסייע לאלמנות וליתומים. ועד הרבנים חתום גם על קריאה לתרום למגבית לקראת פסח למען היהודים ברוסיה הנמצאים בסכנה ומוסרים את נפשם למען הדת היהודית והאמונה. בשנת תר"צ (1930) חתמו וועד רבני ורשה, ובכללם הרב מיכלסון, וכן אגודת הרבנים בפולין, הרב ישראל מאיר הכהן מראדין (הידוע על שם ספרו ה'חפץ חיים') ורבי חיים עוזר גרודז'נסקי, על קריאה לתפלה ולקביעת צום 'תענית אסתר' למען היהודים הנרדפים ברוסיה. הרב מיכלסון היה גם בין חברי ועד הרבנים לעדת ורשה החתומים על מכתבים אל אגודת הרבנים של ארצות הברית וקנדה בשנת 1936. במכתבם התנגדו רבני ורשה בתוקף ליוזמת 'ראבייס מתקדמים' במדינות אלה למנות בשעת קידושין ונישואין שליח לגירושין (למניעת עגינות האשה בעתיד). הם ראו ביוזמה זו קלקול ופרצה הרסנית לטהרת המשפחה ולקדושת האישות.
בשנת תרצ"ז (1937), הוציא הרב מיכלסון לאור את ספרו 'שאלות ותשובות תירוש ויצהר'. בהקדמת הספר, התנצל המחבר אם טעה לפעמים 'יען מצודות השגיאה פרוסה, ובפרט לאנוש כערכי אשר לימודי הי' בעוה"ר [=בעוונותי הרבים] מתוך צער יסורים ודוחק פרנסה […] וגלי הזמן אשר יהמו יחמרו סביבותי והתיצבו כמו נד למולי ורוב הרפתקאות דעדו עלי בעוה"ר ועצרו בעדי לשום עין חודרת על ספרי'. הרב חיים בלוך העיד כי הרב מיכלסון היה, לצד הרב צירלסון והרב זמבה, מגדולי ההוראה בדור, שסייעו לו בכל פעם שהוצרך 'לערוך דברי נגדי מחרפי אמונתנו' ולהגן על כבודו של עם ישראל.
בשנת תרצ"ח (1938), כתבו הרב מיכלסון וחבריו לוועד הרבנים בוורשה אגרת עם פנייה לרבנים ולנדבנים בארה"ב ובקנדה בבקשה לתמיכה כלכלית במוסדות החינוך של רשת 'חורב' בפולין, הפועל 'בעד החינוך הדתי של הנוער היהודי, שיחונך ברוח ישראל סבא נאמן לד' ולתורתו'. רשת זו כללה חדרים ותלמודי תורה, ישיבות גדולות וקטנות, מוסד למחנכים ומורים דתיים, שעורי ערב של למודי קודש לנערים ומרכז רפואי שיקומי לילדים מבתי הספר הדתיים. הרשת פעלה החל משנות העשרים בפולין מטעם 'אגודת ישראל' לחיזוק החינוך התורני בקרב הנוער היהודי ושילבה בתוכנית הלימודים שלה מעט לימודי חול ולימוד השפה הפולנית. בין הקוראים לתמוך ברשת היו ה'חפץ חיים' והרב חיים עוזר גרודז'נסנקי.
לאחר שכוחות גרמניה התקיפו את פולין והטילו מצור על ורשה, פרסמו רבני ורשה, בערב יום כיפור, שנת ת"ש (22.09.1939), כרוז קריאה בסטנסיל, בו הם מעוררים את יהודי העיר לגלות ערבות הדדית בין יהודי לחברו, לספק מזון לרעבים, להתעלות רוחנית ולהיות מוכנים למסירת הנפש. לאחר לחימה קשה ומצור, שנמשכו כחודש וגרמו לנפגעים רבים מקרב האזרחים, נכנעה ורשה בפני הוורמאכט ב-28.09.1939. מיד עם כיבוש העיר, החלו הכוחות הגרמנים לפגוע ביהודים בעיר הכבושה ולהתעלל בהם, בייחוד באלה מהם שהיו בעלי חזות דתית מובהקת או שלבושם העיד על מעמדם הגבוה. ההתעללות ברבנים הייתה אחת הדרכים לשבור את רוחו של הציבור כולו. בעקבות נפילת העיר, הופסקה הפעילות המאורגנת של רבנות ורשה. גם לאחר שבסוף שנת 1939 ובתחילת שנת 1940 שבו לפעול מחלקות שונות של הקהילה, לא הוכרו הרבנים כפקידי הקהילה ולא קיבלו משכורת. עם זאת, לאורך כל זמן קיומו של גטו ורשה, הרבנים היו בו גורם דתי וחברתי חשוב. גם הרבנים שהגיעו כפליטים מערי השדה נתנו תשובות הלכתיות, עצה ועידוד לפונים אליהם. הרבנים קראו לציבור היהודי שלא להידרדר מבחינה מוסרית ודתית ולהחזיק מעמד גם בתנאים הקשים בגטו. רק בסוף שנת 1940 קיבלו רבני העיר הכרה משלטונות הכיבוש, וכל אחד מהם מונה על רישום לידות, חתונות ותעודות פטירה באזור מוגדר, על פי חלוקה שהכתיב היינץ אוארסוואלד (Auerswald), הממונה הגרמני על הגטו. בתקופה קשה זו, עודד הרב מיכלסון את הנדכאים, ארגן את 'ועדי חצר' להזנת עניים ופליטים בגטו, חלק איתם את פת לחמו ופעל להביא את חללי הרעב לקבורה.
בספר 'בסתר רעם' מובאת מפה המחלקת את הגטו לאזורים, שעל כל אחד מהם אחראי רב מקרב ועד הרבנים לעדת ורשה, וניתן למצוא שם את האזור עליו היה אחראי הרב מיכלסון. בארכיון רינגנבלום נמצאה טבלה בה רשומים שמות אדמו"רים ורבנים שחיו בגטו ורשה, ובשורת חלק מהאישים, ובכללם בשורה בה מופיע שמו של הרב מיכלסון, מצוין שהרב המדובר הוא 'חבר הראבינאט'.
גם כשלא הייתה לרבנים הכרה רשמית כחטיבה, הם היו מתכנסים לעתים קרובות לדון בשאלות דתיות שונות והמשיכו לפעול תחת השם 'ועד רבנים ווארשא'. הרבנים שהתקבצו לגטו ורשה החליטו על הקמת 'בית הדין הגדול לכל ענייני יהדות פולין', ומינו את הרב ד"ר יחיאל יעקב ויינברג לראש בית הדין הגדול ולנשיא אגודת רבני ורשה. על חברי בית הדין הגדול נמנו גם האדמו"ר מסוכוטשוב והרב מנחם זמבה. הרב ויינברג מנמק את הבחירה בו בהיותו מקורב לג'וינט ובכך שניתן היה לסמוך עליו בעניינים הכספיים. יתרון נוסף במינויו היה היותו בעל דרכון רוסי, ובשל כך נחשב בתחילת המלחמה כנתין של מדינה בעלת ברית. ועד הרבנים, בראשות הרב ויינברג, פעל עד אמצע שנת 1941, כאשר בעקבות מבצע ברברוסה, נאסר הרב ויינברג ונשלח לגרמניה למחנה שבויים לאזרחים רוסים, שם שהה עד לשחרורו בידי צבא ארה"ב.
בסוף שנת 1941, חולקו מחדש אזורי הרבנות בגטו והרבנים שהוגדרו לערוך רישומים ולטפל בעניינים נוספים החלו לקבל משכורת מהקהילה. הרבנים עסקו בגטו ורשה גם בשאלות השעה ובטענות כלפי המנהיגות היהודית. הם פעלו כנגד הייאוש שדחף אנשים להתאבד וביקשו לעודד את קהל שומעיהם ולחזק את האמונה ואת לימוד התורה. הם השתדלו לספק את צרכיו של ציבור המאמינים, הן צורכי הרוח והן צורכי היום-יום, והמשיכו לקיים כסדרן קבוצות קבועות ללימוד תורה. לפני החגים, התגייסו הרבנים לספק מוצרי מזון לנזקקים, והכריזו על היתר מיוחד לאכילת קטניות בפסח כדי להקל את הרעב. הרבנים לימדו בישיבות מחתרתיות בגטו, דאגו לצד הכלכלי של ישיבות אלו, ביקרו בהן ובחנו את התלמידים. הם היו פעילים גם בוועד 'עזרת הרבנים', שנועד לסייע ולהקל על מצוקתם הנוראה של הרבנים הפליטים בגטו. בשנת 1941, פורסם בגטו ורשה כרוז בחתימת 'האדמו"רים, ועד עזרת הרבנים, וועד הרבנים לעדת ורשה' ובו נקראו התושבים להקפיד על שמירת ניקיון הגוף, הבגדים, המצעים והמגורים, וכן לשמור על טוהר הנפש היהודית ועל קדושת השבת ולהושיט עזרה לזולת. חלק מרבני ורשה מונו בסוף שנת 1941 כחברי מועצת היהודים בגטו והיו פעילים בוועדה הדתית של היודנראט, שהופקדה על הסדרת חיי הדת בגטו. במסגרת תפקידם, הם פעלו גם להצלת רבנים ובחורי ישיבה ממחנות העבודה. בקיץ 1942, הציעה מחלקת הדת למנות 'פקחי שבת' בגטו, אך תושבי הגטו החילונים מכל הזרמים דחו את ההצעה בתקיפות ובזעם. רבני ורשה השתתפו באסיפה שעסקה בחיוב להביא לקבר ישראל את המתים המתגלגלים ברחובות. הם התקינו לומר כל יום מזמורי תהלים ואחריהם לשאת תפילה מיוחדת לשלומם של היהודים שגורשו אל הבלתי נודע. לקראת ראש חודש ניסן תש"ג (06.03.1943), בעקבות השילוחים הצפויים לטרבלינקה של שארית גטו ורשה, הודיעו מספר רבנים על תענית ציבור ועצרת תפילה. אחרוני הרבנים בגטו נרשמו כפקידי הקהילה. רובם גורשו להשמדה בחודשי אוגוסט-ספטמבר 1942, ובהם הרב מיכלסון, שנרצח בטרבלינקה.
בתאריך 25.8.1942, י"ב באלול תש"ב, נערכה סלקציה בחצר הקהילה ברחוב זאמנהוף 19, ובמהלכה נשלחו אל רחבת האומשלאג גם כמחצית מפקידי הקהילה ושמונה מרבני העיר. ביום בו נשלח הרב לטרבלינקה, הביא בנו, מרדכי זאב, שלשה ארגזים עם כתבי אביו אל ארכיון הקהילה היהודית בוורשה, אך ככל הנראה כתבים אלו אבדו.
בערב הפתיחה של שבוע חנוכת הבית של ישיבת טלז בקליבלנד, אוהיו, בי"ח בכסלו תש"ה (1944), עשו הספד והזכרת נשמות 'לגאוני עולם, וצדיקי הדור הי"ד, שנהרגו ושנשחטו על קדושת השם'. הרב דוב אריה הכהן לעוינטאהל, חבר נשיאות 'אגודת הרבנים דארצות הברית וקנדה', הזכיר את השעה הקשה בה 'כולנו אבלים על עם ד' שנפלו בחרב, אבלים על רבנינו, אבלים על הישיבות שחרבו, אבלים על הקהלות שנטרפו. כל עמה נאנחים'. ובהמשך דבריו הזכיר בפירוט שמות של שלשה עשר 'הגאונים הצדיקים הי"ד' ובהם 'הגאון ר' צבי יחזקאל מיכלזאן זצ"ל'.
עבודת גמר בנושא "הרב צבי יחזקאל מיכלסון ומאבקו בתהליכי החילון בפולין", נמצאת באתר ספריית הר הצופים למדעי הרוח והחברה, של האוניברסיטה העברית בירושלים, ומשם הובאו תולדותיו בהרחבה.